Ответ: Да, целесообразно направить заказчику протокол разногласий и указать формулировку «НДС не облагается» именно на этапе заключения контракта. В противном случае в процессе исполнения контакта Заказчик может удержать из оплаты по контракту денежные средства в размере НДС.
Обоснование: Заказчик обязан заключить контракт и оплатить его по цене, предложенной победителем закупки, независимо от применяемой им системы налогообложения (Письма Минфина России от 21.09.2018 N 02-09-09/67738, от 26.09.2017 N 24-03-07/62238) (Письмо Минфина России от 12.05.2020 N 24-01-08/38165, Информационное письмо Минфина России от 15.05.2019 N 24-01-07/34829).
Если победитель применяет УСН, цена контракта на сумму НДС не уменьшается (Письма Минфина России от 13.03.2018 N 24-03-07/15341, от 26.08.2017 N 24-01-10/55970, от 05.09.2014 N 03-11-11/44793). Как отметила ФАС России в Письме от 21.08.2014 N АЦ/33651/14, в этом случае сумма НДС признается прибылью победителя закупки.
Возможности процессе закупки и заключения контракта уменьшить на сумму НДС цену контракта с контрагентом, применяющим УСН, Закон N 44-ФЗ не предусматривает (Письмо Минфина России от 12.05.2020 N 24-01-08/38165, Информационное письмо Минфина России от 15.05.2019 N 24-01-07/34829). Аналогичный вывод следует из Определения Верховного Суда РФ от 08.02.2021 N 305-ЭС20-18251, п. 41 Обзора судебной практики Верховного Суда РФ N 3 (2019).
