Ответ: Да, можно. Протокол комиссии о сроке полезного использования нужен только в том случае, если такие матзапасы предполагается использовать в деятельности учреждения более 12 месяцев.
Обоснование: Расходы на приобретение флешки, рутокенов, карт памяти могут быть отражены подстатье 346 "Увеличение стоимости прочих материальных запасов" КОСГУ, если принимаете указанные объекты к учету в составе материальных запасов, например предполагаемый срок их полезного использования год или менее года (п. 11.4.6 Порядка N 209н, п. 99 Инструкции N 157н, п. 7 Федерального стандарта N 257н).
При этом, если вы принимаете к учету указанные объекты в качестве материальных запасов, период эксплуатации которой превышает 12 месяцев, срок ее полезного использования определяет комиссия по поступлению и выбытию активов (п. 10 СГС "Запасы", Письмо Минфина России от 01.08.2019 N 02-07-07/58075).
Флешки, карты памяти, рутокены учитываются в качестве объектов основных средств или материальных запасов на основании решения постоянно действующей комиссии учреждения по поступлению и выбытию активов (п. 34 Инструкции N 157н). Необходимость такого решения рекомендуется отразить в учетной политике учреждения.