Можно ли уплачивать НДС (задолженность) за другую организацию? Если да, то, что писать в назначении платежа?

Ответ: Да, можно

Обоснование: За третье лицо можно заплатить любые налоги (кроме НДФЛ за налогового агента), а также пени и штрафы по ним (п. п. 1, 8 ст. 45 НК РФ).

Оплатить задолженность можно как за текущий период, так и за прошлые. В назначении платежа через "//" укажите свои ИНН, КПП и наименование организации, за которую платите налог (для предпринимателей - фамилию, имя, отчество и в скобках ИП).

Готовое решение: Как заполнить платежное поручение на уплату налогов за третье лицо (КонсультантПлюс, 2022) {КонсультантПлюс}