Ответ: Нет, не включаются
Обоснование: В составе формы ЕФС-1, утвержденной Постановлением Правления ПФР от 31.10.2022 N 245п, в подразделе 1.3 подраздела 1 отражаются сведения о заработной плате и условиях осуществления деятельности работников государственных (муниципальных) учреждений (п. п. 1.7, 6.1 Порядка заполнения ЕФС-1, утв. Постановлением Правления ПФ РФ от 31.10.2022 N 245п).
Работником в силу ч. 2 ст. 20 ТК РФ является физическое лицо, вступившее в трудовые отношения с работодателем путем заключения трудового договора. Соответственно, физлицо, с которым заключен договор ГПХ, не является работником учреждения.
Отчетность по договору ГПХ: 6-НДФЛ, РСВ, персонифицированные сведения, подразделы 1.1 и 1.2 ЕФС-1. В разд. 2 ЕФС-1 выплаты по ГПД показывают только при уплате взносов на травматизм.