Ответ: Нет, не должны.
Обоснование: Объектом налогообложения по НДС признается реализация товаров (работ, услуг) на территории РФ (пп. 1 п. 1 ст. 146 НК РФ). Налоговая база по НДС увеличивается на суммы денежных средств, полученных в виде финансовой помощи, на пополнение фондов специального назначения, в счет увеличения доходов либо иначе связанных с оплатой реализованных товаров (работ, услуг) (пп. 2 п. 1 ст. 162 НК РФ).
В рассматриваемой ситуации получение субсидии связано с оплатой расходов на приобретение объекта ОС, а не с оплатой реализованных организацией товаров (работ, услуг).
Соответственно, сумма полученной субсидии в налоговую базу по НДС не включается. Аналогичный вывод сделан, например, в Письме Минфина России от 25.04.2018 N 03-07-11/28036.
Предъявленный продавцом НДС со стоимости объекта ОС, который приобретен организацией за счет субсидии, полученной из бюджета бюджетной системы РФ, к вычету не принимается. Данная сумма налога учитывается для целей налогообложения прибыли единовременно в составе прочих расходов на основании ст. 264 НК РФ. Это следует из п. 2.1 ст. 170 НК РФ.
Подборка по этому вопросу: