Ответ: Если по условиям договора аренды земельного участка арендатор компенсирует арендодателю расходы на уплату земельного налога, налога на имущество, то компенсация включается в базу по НДС. Это - экономическая выгода арендодателя, которая имеет прямое отношение к договору аренды и связана с его оплатой. А значит, облагается НДС.
Обоснование: Согласно п. 9 Письма ФНС России от 23.12.2016 N СА-4-7/24825@ <О направлении обзора правовых позиций, отраженных в судебных актах Конституционного Суда Российской Федерации и Верховного Суда Российской Федерации, принятых во втором полугодии 2016 года по вопросам налогообложения>Дополнительная плата в виде компенсации затрат арендодателя на уплату земельного налога имеет прямое отношение к договору аренды и связана с оплатой за аренду земельных участков, а потому подлежит учету в налоговой базе по налогу на добавленную стоимость.
Налоговый орган пришел к выводу, что полученные Обществом денежные средства подлежат в силу подпункта 2 пункта 1 статьи 162 Налогового кодекса РФ учету в налоговой базе по налогу на добавленную стоимость.
Верховным Судом Российской Федерации поддержаны выводы нижестоящих судов и налогового органа о том, что спорные суммы, являющиеся компенсацией расходов общества по уплате земельного налога за переданные в аренду земельные участки, имеют прямое отношение к сдаче указанных земельных участков в аренду и фактически являются дополнительной платой по договорам аренды, которая подлежит учету в налоговой базе по налогу на добавленную стоимость.
Данные выводы содержатся в Определении Верховного Суда Российской Федерации от 12.08.2016 N 305-КГ16-10312 по делу N А40-144005/2015 (ООО "Первая Ипотечная Компания - Регион (Пермь)" против Инспекции Федеральной налоговой службы N 17 по городу Москве).
"...дополнительная плата в виде компенсации затрат арендодателя на уплату земельного налога имеет прямое отношение к договору аренды и связана с оплатой за аренду земельных участков, а потому подлежит учету в налоговой базе по налогу на добавленную стоимость на основании подпункта 2 пункта 1 статьи 162 Налогового кодекса Российской Федерации".
Аналогичный подход к включению в налоговую базу по НДС различных компенсаций поставщику (подрядчику) прослеживается в Определении ВС РФ от 18.08.2017 N 302-КГ17-7947 по делу ООО Эко-Технологии, в Постановлении АС Московского округа от 13.08.2018 по делу N А40-203991/2017 (ООО "Эбботт Лэбораториз"), в решении АС Москвы от 15.02.2019 по делу N А40-198776/18 (ООО "ЭббВи").