Ответ: Нет. Если даты в билете не совпадают с датами начала (окончания) командировки в связи с отпуском работника, то стоимость такого билета нельзя включить в командировочные расходы.
Если работник вернулся из командировки позже (провел отпуск в этом же месте, в результате чего время пребывания в месте командировки превысило срок, установленный в приказе о командировании), необходимо удержать НДФЛ с оплаты работнику обратного проезда. При этом продолжительность отпуска значения не имеет.
Документы по данному вопросу из системы КонсультантПлюс: