Ответ: Нет, неправомерно, если учреждению не были переданы бюджетные полномочия получателя бюджетных средств (ПБС).
Обоснование. Доходы от необменных операций в виде штрафных санкций относятся на подстатью 141 "Доходы от штрафных санкций за нарушение законодательства о закупках и нарушение условий контрактов (договоров)" КОСГУ (Порядок N 209н).
- собственными доходами - бюджетными или автономными учреждениями (Письмо Минфина России от 20.09.2012 N 02-06-10/3831);
- неналоговыми доходами бюджета - казенными учреждениями или бюджетными (автономными) учреждениями при реализации отдельных бюджетных полномочий ПБС (п. 3 ст. 41 БК РФ).
Поскольку средства, полученные автономным учреждением в виде штрафов, неустойки являются собственными доходами данного учреждения, обязанности по перечислению таких средств в доход бюджета у учреждения не возникает. Такая позиция изложена в Письме Минфина России от 13.07.2012 N 02-04-10/2732.
К сведению. В отдельных случаях, когда учреждению переданы бюджетные полномочия получателя бюджетных средств, то есть учреждение вправе заключать государственный контракт от имени Российской Федерации (например, контракты, оплата которых осуществляется за счет бюджетных инвестиций в строительство (реконструкцию, техническое перевооружение) объектов капитального строительства государственной собственности РФ, находящихся на праве оперативного управления федеральных бюджетных учреждений, а также в строящиеся объекты, которые не закреплены за федеральными бюджетными учреждениями на праве оперативного управления, в отношении которых федеральные бюджетные учреждения выполняют функции застройщика), оно выступает в качестве государственного заказчика.
При этом суммы неустойки, перечисляемые поставщиками (исполнителями, подрядчиками) по таким контрактам, должны быть зачислены в федеральный бюджет по нормативу 100%. Администрирование таких доходов федерального бюджета осуществляется учредителем указанного бюджетного учреждения (Письмо Минфина России N 02-04-10/2732).