Ответ: 3 дня больничного нужно оплатить по КВР 121 "Фонд оплаты труда государственных (муниципальных) органов"
Обоснование: Из вопроса следует, что сотрудник находился на больничном до даты увольнения. Поэтому, несмотря на то, что больничный лист представлен бывшим работником после увольнения, выплату проводите в обычном порядке.
Сумму пособия за первые три дня временной нетрудоспособности за счет средств работодателя отнесите на подстатью 266 "Социальные пособия и компенсации персоналу в денежной форме" КОСГУ (Порядок N 209н, п. 2.1.2 Методических рекомендаций к порядку применения КОСГУ).
Это относится к ситуации, когда сам работник заболел или получил травму (за исключением несчастных случаев на производстве и профзаболеваний). Оплату больничного листа за счет работодателя отразите по КВР 121 "Фонд оплаты труда государственных (муниципальных) органов".